一、退市风险
创业板市场上市公司退市制度设计较主板市场更为严格。创业板市场上市公司终止上市后可直接退市，不再像主板市场上市公司一样，要求必须进入代办股份转让系统。与主板市场相比，可能导致创业板市场上市公司退市的情形更多，退市速度可能更快，退市以后可能面临股票无法交易的情况，购买该公司股票的投资者将可能面临本金全部损失的风险。
二、公司经营风险
与主板市场上市公司相比，创业板市场上市公司一般处于发展初期，经营历史较短，规模较小，经营稳定性相对较低，抵抗市场风险和行业风险的能力相对较弱。此外，创业板市场上市公司发展潜力虽然可能巨大，但新技术的先进性与可靠性、新模式的适用面与成熟度、新行业的市场容量与成长空间等都具有较大不确定性，投资者对创业板市场上市公司高成长的预期并不一定会实现，风险较主板大。
三、股价大幅波动风险
以下原因可能导致创业板市场上市公司股价发生大幅波动：
（1）公司经营历史较短，规模较小，抵抗市场风险和行业风险的能力相对较弱，股价可能会由于公司业绩的变动而大幅波动；
（2）公司流通股本较少，盲目炒作会加大股价波动，也相对容易被操纵；
（3）公司业绩可能不稳定，传统的估值判断方法可能不尽适用，投资者的价值判断可能存在较大差异。
四、技术失败风险
创业板市场上市公司高科技转化为现实的产品或劳务具有不确定性，相关产品和技术更新换代较快，存在出现技术失败而造成损失的风险。
五、市投机风险
股市投机是指预期股价有上涨机会或者预谋创造股价上涨机会，在股价尚未涨到目标位前投入资金买进股票，待股价涨到目标位时将股票卖出获利的行为。股市投机风险是指投资者由于自己投机失误或他人过度投机而给自己的投资造成损失的可能性。主板市场也有投机风险，但是创业板的投机风险程度大大超过主板市场，因为创业板股票规模小，容易操纵，价格涨得快跌得也快，涨得高跌得也深。