1、流动性风险：这是新三板市场目前最主要的风险，整个市场的成交量只相当于一家普通的主板企业，这对新三板目前的资金规模来说是不正常的。在交易制度不完善并且转板制度尚未出台的情况下，买入的新三板股票想要退出只能通过协议转手，或者等企业IPO之后卖出。但精选层以外的基础层和创新层转板上市的可能性很小，如果做市商制度出台，流动性会有一定改善，但相对于二级市场仍然有较大差别。
2、选股风险：扩容以前的新三板中，挂牌公司大都是比较优秀的，其中近半数基本符合创业板上市条件，投资的风险是相对较小的。但经过扩容后，挂牌门槛降低，公司质量良莠不齐，绝大多数公司未来很难上市，其中甚至有不少随时都可能倒闭，对没有分辨能力的投资者来说，风险是比较大的。而且，一些优质企业的股份通常早已经被大券商承包，甚至长期持有，导致很多小机构与个人投资者无法获得市场中的优质标的，选择次优的公司投资收益较低，风险也大。
3、估值风险：目前新三板对挂牌企业没有盈利水平的要求，除了少数细分行业领头羊公司，大多数的创业型或守成型公司经营水平不行，融资能力也差、，股票缺乏流动性，没有什么投资价值。两千多家企业中，能上精选层或者转主板的很少，大部分公司有盈转亏的净值下跌风险，有些股票可以跌到原价的10%、甚至退市。另外，财务报表也是可以粉饰的，公布的利润对普通投资者几乎没有任何意义，绝大多数公司做不到长期稳定的分红，又何谈估值呢。
4、交易风险：目前新三板股票是不设涨跌幅限制的，从历史成交数据来看，部分个股价格波动非常剧烈。由于新三板的协议转让常常导致同一只股票可能出现巨大的价格差距，这削弱了新三板的价格发现功能，协议转让的价格也并不能体现挂牌公司的真实。有些私募基金公司为了牟利，甚至会低价大量收购流动性差的基础层或是创新层股票，然后吹票忽悠不懂的散户接盘。
5、监管风险：目前企业挂牌的条件还只是试行，很多质地并不合格的企业通过借壳等手段上新三板，机构做尽职调查费时费力，因此可能就会放弃投资。挂牌并没有起到非常好的筛选效果，很多企业的主要股东把新三板当做了自己套现的乐园。如果未来把挂牌审核制度与分层制度结合起来，在挂牌的同时就对企业进行评级，就可以有效加强监管，降低投资者的风险。

温馨提示：投资有风险，选择需谨慎。