科创板的涨跌幅限制与主板存在明显差异，整体上更为宽松，波动空间更大。最核心的区别体现在两个方面。首先新股上市初期的规则不同：科创板股票在上市后的前5个交易日不设价格涨跌幅限制；而主板新股虽然上市首日涨跌幅放宽至-36%至+44%，但从第二个交易日起便恢复常规限制。其次日常交易的限制比例不同：从上市的第6个交易日起，科创板的涨跌幅限制比例为正负20%，而主板为正负10%。
此外主板的风险警示股票（ST、*ST）涨跌幅限制此前为5%，但自2026年7月6日起也已统一调整为10%。而科创板的风险警示股票涨跌幅限制则与普通股票一致仍为20%。这一更宽的涨跌幅制度虽然提升了市场定价效率，但也意味着更大的股价波动风险。