港股通账户在功能上与香港本地账户存在显著差异，无法参与港股新股申购（打新），也无法进行融券做空。这两项核心功能的缺失，是两地账户最本质的区别。

在打新方面，港股通机制本身仅覆盖二级市场的存量股票交易，系统内没有新股申购入口，也无法处理新股认购的缴款与抽签。投资者必须通过香港本地持牌券商账户，才能参与港股的一级市场发行。在融券方面，港股通仅支持现货全额交易，投资者只能使用自有资金进行单向做多。账户禁止借入证券进行卖空，也不提供杠杆融资（孖展）功能。对于希望使用做空或对冲工具的投资者而言，港股通缺乏相应的交易渠道。

此外，港股通在多个维度上存在功能限制。交易标的方面，港股通只能买卖纳入名单的约500只股票，而香港本地账户可以交易全市场近2600只港股及各类衍生品。交易时间上，港股通遵循“双重开门”原则，A股休市时港股通也无法交易，香港本地账户则不受此限。额度方面，港股通受每日额度限制，香港本地账户则无此限制。税费方面，港股通的分红税统一为20%，而香港本地账户的税负可能更低。