港股通的交易日安排，其最核心的特点在于并不与A股交易日完全同步，而是严格遵循“沪深港两地市场均开市且能满足结算安排”的双重条件。这种“两地共同交易日”原则，是理解其所有休市规则的起点。基于此，港股通休市安排主要分为计划性休市和临时性停市两大类。
在计划性休市方面，港股通会在一些特殊节日暂停服务，这些休市安排往往与A股不同。例如，除了元旦、春节等两地共同假期外，港股通还会因香港本地的耶稣受难节、复活节、佛诞日、香港特别行政区成立纪念日、重阳节等节日而暂停服务。此外，在圣诞前夕、元旦前夕或除夕，港股通可能仅有半天交易。
另一种需要特别留意的情况是临时性停市，这通常由不可预见的因素触发。其中，恶劣天气是港股通与传统A股在交易规则上最显著的差异之一。不过，根据港交所自2024年9月23日起实施的新规，香港市场已正式实施恶劣天气下正常交易的安排，以往遇到台风、黑雨就停市的传统已结束。因此，目前因天气原因导致的临时停市已极为罕见，但理论上仍可能因联交所认定的其他异常情况而临时停市。