港股通的交易系统运作流程如下：内地投资者通过上交所或深交所交易申报系统申报港股买卖指令，这些指令会传至中国结算进行资金前端控制，之后由上交所或深交所统一发送到联交所交易系统进行撮合成交。成交后，中国结算与香港结算进行清算交收，最终完成投资者账户的资金和股份变更。

与内地A股交易系统相比，在技术上有以下差异。一是交易时间不同，港股通交易时间需同时遵循联交所和上交所/深交所的交易时间安排，且香港市场存在半日市情况，这与A股相对固定的交易时间不同。二是交收机制不同，A股实行T+1交收，即当天买入，次日可卖出；而港股通实行T+2交收，意味着投资者买入港股后，要在两个交易日后才能完成股份交收。三是报价显示规则不同，A股一般采用限价申报，且有涨跌停板限制；港股则没有涨跌停板，报价更为灵活，可能在短时间内出现较大价格波动。此外，在订单类型、行情信息等方面，两者也存在一些细节差异。