将证券账户由方正证券转到国泰君安，需要遵循一定的流程和步骤。以下是详细的操作指南：

准备资料：您需要准备好本人的身份证、沪深股票股东卡以及托管银行卡。这些证件是办理转户手续所必需的。

撤销指定交易：前往方正证券原开户营业部办理撤销上海指定交易手续，如果有深圳的股票，还需要办理转托管手续。这是为了确保您的股票账户在转出方正证券后，能够顺利转移到国泰君安证券。

预约开户：进入国泰君安证券的网站，选择“预约开户”选项。如果您在其他券商已经开户，需要进行转户到国泰君安证券的操作。在此过程中，您需要输入相应的个人信息并完成预约。

办理转户手续：携带所有准备好的证件，包括身份证、沪深股东账户卡等，前往国泰君安证券预约开户的营业网点办理转户手续。在办理过程中，可能需要进行一些身份验证和信息确认的操作。

资金与股票处理：在转户前，建议提前一天将资金账户里面的资金转出，股票可以暂时不动。转户完成后，第二天不能操作股票，以确保转户过程的顺利进行。

重新设置密码：在国泰君安证券办理完转户手续后，您可能需要重新设置密码，以便能够正常使用新的证券账户。

总的来说，将证券账户由方正证券转到国泰君安需要经过一系列的步骤和操作。在整个过程中，请务必保持通讯畅通，并按照各证券公司的要求提供必要的资料和信息。