基差风险是指保值工具与被保值商品之间价格波动不同步所带来的风险。基差(basis)即现货成交价格与交易所期货价格之间的差，其金额不是固定的。基差的波动给套期保值者带来了无法回避的风险，直接影响套期保值效果，特别是当采用替代品种保值时。
一般来说，基差风险的主要来源包括以下四个方面：
一、套期保值交易时期货价格对现货价格的基差水平及未来收敛情况的变化。由于套利因素，在交割日，期货价格一般接近现货价格，即基差约等于零。因此，套期保值交易时的基差水平、基差变化趋势和套期保值平仓对冲的时间决定了套期保值的风险大小及盈亏状况。
二、影响持有成本因素的变化。在理论上，期货价格等于现货价格加上持有成本，该持有成本主要包括储存成本、保险成本、资金成本和损毁等等。如果持有成本发生变化，基差也会发生变化，从而影响套期保值组合的损益。
三、被套期保值的风险资产与套期保值的期货合约标的资产的不匹配。我国2006年以前没有豆油期货合约，由于大豆价格与豆油价格波动的高度相关性，所以豆油生产商或消费商使用国内大豆期货合约来为豆油价格进行套期保值，这种套期保值被称为交叉套期保值。交叉套期保值的基差风险最大，因为其基差由两部分构成，一部分来源于套期保值资产的期货价格与现货价格之间的价差，另一部分来源于套期保值资产的现货价格与被套期保值资产的现货价格的价差。由于被套期保值的风险资产与套期保值期货合约的标的资产不同，其影响价格变化的基本因素也不同，导致交叉套期保值的基差风险相对偏高。
四、期货价格与现货价格的随机扰动。
由于以上四个方面的原因，在套期保值组合持有期间，基差处于不断的扩大或缩小变化中，因而使套期保值组合产生损益。在正常的市场条件下，由于影响某一资产的现货价格与期货价格的因素相同，使套期保值基差的波动幅度相对较小且稳定在某一固定的波动区间中，在该波动区间内产生的套期保值组合盈利或亏损较小，因而不会对套期保值的有效性产生太大影响。但在某些特殊情况下，市场会出现对套期保值不利的异常情况，导致套期保值基差持续大幅度扩大或缩小，从而使套期保值组合出现越来越大的亏损，如果不及时止损，将对套期保值者造成巨大的亏损。从概率上来说，偏离正常基差水平的异常基差现象属小概率事件，但对这类小概率事件风险处理不当的话，套期保值会造成巨大的亏损。