1、标准化程度的区别。股票ETF期权是交易所设计的标准化合约。而权证是非标准化合约，由发行人自行设计合约要素，除由证券公司、上市公司或大股东等主体单独发行外，还可以与可分离交易可转债一起发行。

2、发行主体的区别。股票ETF期权没有发行人，合约条款由交易所设计，在支付足够保证金的前提下，参与者都可以开仓卖出期权。而权证的发行方是上市公司或投资银行等第三方。投资者既可以是持有期权的多头也可以是持有空头，权证投资者则只能持有多头。

3、行权后的效果区别，认购期权或认沽期权的行权，仅是标的证券在不同投资者之间的相互转移，不影响上市公司的实际流通总股本数。对于上市公司发行的股本权证，当投资者对持有的认购权证行权时，发行人必须按照约定的股份数目增发新的股票，从而导致公司的实际流通总股本数增加