主要区别在于：第一，认股权证发行者是上市公司，而备兑权证发行者是上市公司以外的第三者；第二，认股权证不能创设或增加其流通量，而备兑权证可以进行相关创设增加其流通量；第三，认股权证一般行权时只能是认购股票，而备兑权证则是按权证的类型划分为认购或认沽，认购行权时买入相关股票，认沽行权时卖出相关股票；第四，认股权证到期时只能进行实物交割(交割的是股票)，而备兑权证不一定是实物交割的，也可以用现金进行结算的；第五，认股权证有增加总股本的性质，主要由于相关行权时，上市公司会增加发行该公司的股票来应付行权的需要，而备兑权证没有增加总股本的性质，主要由于是上市公司以外的第三者发行，它不具有增加该上市公司有股本的权利。
注：在中国进行股权分置改革时，大部分权证都是相关上市公司大股东对非流通股东进行派发的权证，其实质是备兑权证，但是其结算条款则是采用实物交割的形式。现在还在市场交易的权证则全部是认股权证。