证券公司提供的VIP通道和独立交易单元主要在以下几个方面有所不同：

1. 使用人数：
VIP通道：通常由20-50人共享一个通道。只要您的资产达到一定金额（通常是100万元），就可以向证券公司申请免费开通。
独立交易单元：由一个人独立使用一个通道，需要支付费用购买。

2. 交易速度：
VIP通道：提供较快的交易速度，适合频繁交易的投资者。由于是共享通道，速度虽然快，但仍可能受到其他用户的影响。
独立交易单元：提供最快的交易速度，因为是专线，指令直接到达交易所。这种通道不会受到其他用户的影响，适合资金量大且对交易速度要求高的投资者。

3. 费用：
VIP通道：通常不需要额外费用，只要达到一定的资产要求即可申请。
独立交易单元：需要支付较高的费用，通常每年在15至30万元之间。

4. 适用对象：
VIP通道：适合频繁进行短线交易或打板交易的投资者。
独立交易单元：适合资金量大、对交易速度和独立性要求高的投资者。