9月13日，复旦复华公告称，收到沪国税《税务行政处罚事项告知书》：根据《中华人民共和国税收征收管理法》，拟对复华药业应补缴的增值税、城市维护建设税税款处1倍的罚款，共计147，718，733.39元；同时，沪地税亦发布相关告知书，拟对复华药业应补缴的企业所得税处1倍的罚款，共计118，772，115.13元。

　　上海市国家税务局第一稽查局称，复华药业在2012年7月~2014年11月期间，收受国生基地虚开的增值税专用发票1408份，货物品名为日本产谷胱甘肽原料，数量45500公斤，金额为814，478，633.04元，税额138，461，366.96元。另外，该公司于2012~2015年期间，收受上海奇泓企业管理咨询事务所等7家公司虚开的增值税发票共计468份，金额37，052，336.12元，税额2，223，141.03元。

　　上海市地税局方面的处罚前两项与上述国税一样，较之多出一笔的是，复华药业于2009年~2012年期间，收受上海奇泓企业管理咨询事务所等10家公司虚开的普通发票共计505份，合计68，536，205.39元。