对于同一只新股，融资融券账户和普通账户不能分别申购。相关规定和原因如下：

1. 申购规则明确限制：根据证券市场的新股申购规则，每个投资者对于同一只新股只有一次有效申购机会。这里的投资者是以身份证号码等身份信息来认定的，无论使用普通账户还是融资融券账户，都属于同一个投资者。例如，投资者张三持有一个普通账户和一个融资融券账户，在申购某只新股时，不能用普通账户申购一次后，又用融资融券账户再申购一次，重复申购的部分将被视为无效申报。

2. 市值合并计算：普通账户和融资融券账户的市值是合并计算来确定新股申购额度的。例如，投资者在普通账户中有30万元的股票市值，在融资融券账户中有20万元的股票市值，那么在计算新股申购额度时，会将两个账户的市值合并，按50万元的市值来确定可申购的数量。但这并不意味着可以用两个账户分别申购，只是在计算额度时合并考量，投资者仍只能选择其中一个账户进行申购操作。

3. 防止违规套利和维护市场公平：如果允许同一投资者用融资融券账户和普通账户分别申购同一只新股，可能会出现一些投资者利用多个账户进行不正当的套利行为，比如通过不同账户的操作来操纵新股申购结果、获取不公平的优势等，这会破坏市场的公平性和正常秩序。监管部门为了维护新股申购市场的公平、公正、公开，所以明确规定同一投资者对同一只新股只能申购一次。
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