除了金融衍生产品的一般性风险外，由于标的物自身的特点和合约设计过程中的特殊性，股指期货还具有一些特定的风险。

一、基差风险

基差风险是股指期货相对于其他金融衍生产品（期权、掉期等）的特殊风险。从本质上看，基差反映着货币的时间价值，一般应维持一定区间内的正值（即远期价格大于即期价格），但在巨大的市场波动中，也有可能出现基差倒挂甚至长时间倒挂的异常现象。基差的异常变动，表明股指期货交易中的价格信息已完全扭曲，这将产生巨大的交易性风险。

二、标的物风险

股指期货交易中，，标的物也就是沪深300指数的特殊性，是其特定风险无法完全锁定的原因。从套期保值的技术角度来看，商品期货、利率期货和外汇期货的套期保值者，都可以在一定期限内，通过建立现货与期货合约数量上的一致性、交易方向上的相反性来彻底锁定风险。而股指期货由于标的物的特殊性，使现货和期货合约数量上的一致仅具有理论上的意义，而不具有现实操作性。因为，股票指数设计中的综合性，以及设计中权重因素的考虑，使得在股票现货组合中，当股票品种和权数完全与指数一致时，才能真正做到完全锁定风险，而这在实际操作中的可行性几乎是零。因此，股指期货标的物的特殊性，使完全意义上的期货与现货间的套期保值成为不可能，因而风险将一直存在。

三、交割制度风险

股指期货采用现金交割的方式完成清算。相对于其他结合实物交割进行清算的金融衍生产品而言，存在更大的交割制度风险。如在利率期货交易中，符合规格的债券现货，无论如何也可以满足一部分交割要求。股指期货则只能是百分之百的现金交割，而不可能以对应股票完成清算。