佣金收费方面，投资者应自行与有港股通权限的券商商议。 在进行港股通交易时，投资者主要支付交易税费、结算及交收服务费用、存管和公司行为服务费用。港股和A股进行交易的费用和税费比较情况如下：
对于港股通投资者而言，证券组合费是指香港结算根据中国结算名义持有帐户每自然日日终港股持有市值，按逐级递减的费率标准，所计收的存管和公司行为服务费用。中国结算依据相同标准，对每个持有港股的A股证券帐户进行收取。
目前，香港结算针对香港本地市场也设有证券托管、代理人服务等收费项目，因此对港股通投资者来说，证券组合费并非进行港股买卖的额外成本。

提示投资者注意，由于证券组合费根据投资者证券账户持有市值以一定的比例按自然日进行计算收取，也就是说，投资者持有“港股通”股票，即使不交易，也需每日缴纳证券组合费，投资者应避免因此发生资金透支。

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