债券ETF套利和股票ETF套利的底层逻辑同源，都是利用市价和IOPV净值的偏差赚取价差，但实际操作中的差异非常明显。
债券ETF套利的折溢价空间普遍极小，多数时候仅在万分之几级别，依托T+0日内交易机制，适合高频小额滚动操作，成分券多为国债、信用债，价格波动平缓，套利的确定性更高，冲击成本极低，部分标的还支持通用质押式回购，可叠加杠杆放大收益。
股票ETF套利的折溢价空间波动极大，极端行情下甚至能出现1%以上的价差，但成分股数量多，配齐一篮子股票的操作难度更高，卖出股票还会产生印花税，套利的摩擦成本明显更高。
二者的门槛也有区别：主流股票ETF申赎门槛多为百万份起，债券ETF的申赎门槛普遍更低，部分小体量标的几十万资金就能参与，对中小机构的友好度更高。

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