两种方式都可以交易港股，但是在准入门槛、交易标的、资金汇兑、交易成本、制度规则上差异很大，下面详细对比两者的区别。
1、准入门槛：港股通需要A股证券账户20日日均资产≥50万，有资产门槛；直接香港券商开户没有50万资产限制，只要符合境外券商开户要求即可办理。
2、可交易标的：港股通只能购买港股通标的股票，是港股里筛选出来的一部分个股，很多小盘股、衍生品无法交易；香港本地券商开户可以交易全部港股，还可以交易美股、新加坡等海外市场品种，标的范围更广。
3、资金与汇兑：港股通使用人民币交易，系统自动换汇，不用自己换汇，资金走境内闭环，资金出入境合规；香港券商开户需要个人购汇出境，个人每年5万美金额度，购汇用途不能用于境外证券投资，存在外汇合规风险，资金进出相对麻烦。
4、交易成本：港股通除佣金、交易税费外，会收取汇兑差价；香港券商佣金、平台费各不相同，无汇兑差价，但资金划转可能产生手续费。
5、风险差异：港股通受内地和香港双重监管，投资者保护机制更贴近内地；境外券商受香港本地法规监管，维权流程相对复杂。港股本身无涨跌幅限制，两种方式都面临股价大幅波动风险。以上仅业务规则科普，不构成投资建议。