新三板（全称“全国中小企业股份转让系统”，NEEQ）主要服务的是创新型、创业型、成长型的中小微企业。
它和沪深交易所（主板、创业板、科创板）虽然都是资本市场的组成部分，但它们就像是一个企业不同阶段的“升学班”和“毕业班”。具体区别主要体现在以下几个方面：
1. 市场定位与企业成熟度（“预科班”与“大学”）
新三板（场外市场）：更像是资本市场的“苗圃”或“预科班”。它接纳的是规模较小、处于早期发展阶段、暂时达不到沪深上市门槛的企业。这些企业虽然成长性高，但经营风险相对较大，业绩可能还不稳定。
沪深交易所（场内市场）：更像是“成熟大学”。主板服务的是大型成熟企业；创业板和科创板服务的是已经具备一定规模、高成长性的企业。这些企业治理结构更规范，业绩更稳定。
2. 交易方式与流动性（“集市”与“拍卖行”）
新三板：流动性相对较弱，交易不如沪深市场活跃。它采用集合竞价（每天只撮合交易几次，如5次或25次）和做市商制度（由券商作为中间商报价买卖），很难随时快速成交。
沪深交易所：流动性极强，采用连续竞价交易（9:30-11:30，13:00-15:00随时可以买卖撮合），随时可以成交。
3. 投资门槛与参与者（“专业圈”与“大众圈”）
新三板：为了保护普通投资者，新三板的个人投资者门槛较高（通常要求证券资产不低于50万/100万/200万，且具备2年投资经验）。因此，这里多是机构投资者或专业投资者在玩。
沪深交易所：没有资产门槛，任何普通散户都可以参与交易，投资者群体非常广泛。
4. 市场层级与监管严格度（“普通班”与“重点班”）
新三板实行分层管理机制，分为：
基础层：满足基本挂牌条件的企业，信息披露要求相对宽松。
创新层：在盈利能力、研发投入等方面表现较好的企业。
北交所（北京证券交易所）：由新三板精选层平移而来，属于场内交易所市场。它承接新三板创新层的优质企业，实行注册制，交易规则接近沪深交易所（如涨跌幅限制30%），门槛和监管标准大幅提高。