沪股通和深股通在交易机制上几乎完全一致，真正的差别只有一处——标的范围不同。很多人以为差异很大，其实监管在设计深港通时就明确"制度安排大体参照沪港通"，所以规则是刻意对齐的。下面逐条说清楚，顺便点出几个容易搞错的地方。
一、最核心的差别：标的范围
这是两者唯一实质性的不同。
沪股通覆盖的是上海市场的股票。2023年3月13日扩容后，基准指数由原来的上证180指数、上证380指数，扩展为上证A股指数，覆盖范围从大中盘进一步拓展到中小盘，每个行业可选取的股票不再受数量限制。加上沪市上市的A+H股公司的A股。
深股通覆盖的是深圳市场的股票。基准指数由原来的深证成份指数、深证中小创新指数，扩展为深证综合指数，基本覆盖全部深市股票。加上深市上市的A+H股公司的A股。
两市的共同调入门槛是市值50亿元人民币以上，同时兼顾流动性风险，配套要求日均成交金额3000万元以上、全天停牌交易日天数占比低于50%。
调出机制设了缓冲，条件低于调入条件：非A+H股的沪深股通股票，如果半年度定期考察时日均市值低于40亿元，或日均成交金额低于2000万元，或停牌天数占比50%以上，会被调出。
被调出或出现风险警示（ST、ST、退市整理）的股票，会被列入只供卖出名单*——暂停北向买入，但允许卖出。
这个差异带来的实际效果是：沪股通标的历史上偏重大盘蓝筹，深股通标的新兴行业、成长型公司占比更高。扩容后两市覆盖率都已很高，截至2024年3月底沪深股通股票占A股市场市值比重已超九成，这个风格差异已经明显弱化。
二、交易时段的小差异：收盘集合竞价
这是个细节但很实际的不同。
沪股通：开盘集合竞价9:15—9:25，连续竞价上午9:30—11:30、下午13:00—15:00。
深股通：开盘集合竞价同样是9:15—9:25，上午9:30—11:30，下午13:00—14:57，然后14:57—15:00是收盘集合竞价。
也就是说深市多了一个收盘集合竞价时段。这个差异源于沪深两所自身的交易规则不同，不是互联互通机制专门设的。
三、额度：各自独立、互不通用
自2016年8月起总额度已取消，目前只保留每日额度管理。沪股通和深股通各设每日520亿元人民币的净买入额度，两者完全分开、互不通用、不可调剂，当日未用完的额度不结转，次日自动重置。
注意额度约束的是净买盘而不是买入总额，卖出不受任何限制，且卖出成交会立刻释放等额额度。额度耗尽时：开盘集合竞价阶段打满会拒收新买单，撤单或大额卖出释放额度后可恢复；盘中连续竞价阶段耗尽，当天剩余时间不再接受北向买入委托，只能卖出。
四、持股比例限制：两者完全相同
这一条两市没有任何差别，都是：
单个境外投资者（含QFII、RQFII及沪深股通）持有单一上市公司股份不得超过10%；所有境外投资者持有同一上市公司A股的比例总和不得超过30%。
配套的执行机制是：境外持股合计达到26%时，交易所发布通知预警；达到28%时，港交所公布停止接纳该股票的买盘，直至持股比例跌回26%以下才恢复；一旦超过30%，相关境外投资者须在5个交易日内按"后买先卖"原则出售。
另外按内地法律，投资者持有或控制内地上市发行人已发行股份达5%时，须在3个工作日内书面报告，且披露期内不得买卖。
五、结算与交易机制：基本一致
两市都采用"本地原则、本地交收、本地清算"，以人民币报价和结算。证券交收日为T日，资金结算日为T+1日。
交易指令方面，沪深股通只接受限价盘，不提供市价单。不允许卖空、不允许回转交易（即日鲜），T日买入的股票T+1才能卖出。买入必须是整手，每手100股，仅卖盘可接纳碎股。最小变动价位统一为人民币0.01元。申报价格不得超过前一个交易日收盘价的±10%。
不能参与的业务包括：新股认购（打新）、融资融券、大宗交易等。