印花税卖出时由券商代扣代收，统一上缴国库，佣金不是印花税，二者是完全不同的费用，A股印花税税率为万分之五，仅对卖出单边收取。
1、投资者卖出股票成交后，交易系统会先按照成交金额计算出对应印花税金额。
2、券商交易系统会直接在成交资金中代扣这部分印花税，统一结算后上缴税务部门。
3、佣金是券商收取的交易服务费用，和分仓结算环节收取的印花税相互独立，不会混同收取。
需要注意：印花税仅在卖出股票时收取，买入股票不收取印花税，不会双向收取。
举例来说，你卖出十万元金额的股票，会扣除五百元印花税，这部分费用和券商佣金分开计算。
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