上市公司发行的存托凭证与普通A股股票在股东权利行使规则上的核心区别在于：存托凭证持有人不能直接行使股东权利，必须通过存托机构（存托人）代为行使；而普通股票持有人可以直接行使各项股东权利。具体表现在以下几个方面：股东身份与名册登记
普通股票持有人是上市公司的在册股东，直接登记在公司的股东名册上；而存托凭证持有人并非发行人的在册股东，境外基础证券的实际持有人为存托人，投资者仅出现在存托凭证持有人名册中。表决权行使方式
普通股票持有人可以直接出席股东会、提出提案并行使表决权；存托凭证持有人虽实质上享有投票权，但不能以股东身份直接参与公司治理，而是需要通过存托机构代为行使。存托机构需事先征求存托凭证持有人的投票意愿，并严格按照其意愿在股东会上进行投票。知情权与监督权
普通股票持有人有权依法查阅、复制公司章程、股东会会议记录、财务会计报告等，并对公司经营提出建议或质询；存托凭证持有人由于不是直接股东，这些知情权和监督权同样需要通过存托机构或相关协议安排来间接实现。经济权益的派发
普通股票持有人直接获得公司分配的股息、红利等收益；存托凭证持有人享有的资产收益权（如分红、派息等）需由存托机构根据协议约定代为接收并向持有人派发。