除税费外，通过“港股通”和“直接香港账户（本地/互联网券商账户）”投资同一只港股，在底层持有架构和权利行使上存在本质区别。港股通是“名义持有人跨境代持”（由中国结算代持，投资者间接持有），而直接香港账户是“投资者直接/近直接托管持有”。这一根本差异导致了在权益获取、信息披露、私有化及合股供股处理上的不同风险：

1. 权益获取（分红、派息、投票等）
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港股通：投资者不会直接出现在上市公司的股东名册上，而是由中国结算作为名义持有人代为行使权利。在参与分红、派股或投票时，需要通过券商向中国结算申报意愿，再由中登汇总向香港结算办理。因此，港股通的申报截止时间通常比直接账户更早（例如供股缴款截止日会提前几个工作日），且流程相对较长。
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直接香港账户：投资者（或名下托管的券商）直接登记在册，可以更直接、快速地接收公司通知并行使股东权利（如投票、接受红利等），操作链条短，时效性更强。

2. 信息披露与通知触达
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港股通：港股通股票的信息披露遵循港交所规则，内地投资者通常需要主动通过港交所“披露易”网站、券商APP推送或公司官网去查阅公告。由于是代持架构，某些针对股东名册的直接纸质通函或个性化通知，可能会先发到代持机构，存在信息传递链条较长、不够直观的风险。
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直接香港账户：作为香港市场原生托管体系的参与者，通常能更直接地在券商后台收到上市公司的通知、通函和会议材料，信息触达更原生、更及时。

3. 私有化（公司收购/退市）处理
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港股通：中国结算会代理办理强制性和非强制性的公司收购业务。但对于账户中有质押或冻结的股份，现金收购款可能会暂缓发放，待冻结解除后再处理，这会带来资金到账的延迟风险。
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直接香港账户：投资者可以直接根据券商和系统提示进行接纳或拒绝操作，资金或换股通常能更快速地直接划转到位。此外，若涉及跨境维权（如质疑私有化价格过低），直接账户持有人的法律主体身份更清晰，而港股通投资者需通过代持机构协调，跨境维权取证和追责难度相对更大。

4. 合股、供股等“公司行为/财技”处理（核心风险差异）
港股市场（尤其是小盘股）常出现合股、供股、配股等资本运作（甚至被恶意用作“老千股”向下炒的财技），两者在处理上有巨大差别：

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港股通（限制较多，容易被动踩坑）：
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供股/公开配售：港股通投资者暂不能参与超额认购（超额部分无法获配）。更关键的是，对于供股权，港股通通常只能卖出已持有的供股权，不能买入新的供股权，也无法像直接账户那样灵活缴款认购新股。如果忽视公告或错过较短的申报窗口，供股权可能直接失效清零，导致权益损失。
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合股：合股（如10合1）后，若产生不足一手的“碎股”，港股通系统的处理有时不如直接账户灵活，可能面临碎股难以交易或变现折扣较大的问题。
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直接香港账户（操作灵活，但需自担复杂规则风险）：
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可以完整参与供股、公开配售（包括超额认购）、合股等操作，供股权也可以在二级市场自由买卖。
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但正因为工具齐全，投资者必须自己透彻理解港股复杂的财技规则。如果不懂规则，在面对大幅折价供股或高频合股时，极易因不跟进缴款导致股权被极度摊薄，或成为“老千股”收割的对象。