这要看你是做债券正回购还是逆回购，一般来说正回购(即用债券做抵押向市场融资)风险很大，而对于证券交易所交易的逆回购(即把资金借给别人收取成交时所约定利率所对应的利息)则是无风险的。
对于证券交易所的债券逆回购来说是无风险的且不会亏本的，主要原因是在于国债正回购方(即债券融资方)除了抵押物以外，若正回购方到期违约，中登公司(即证券交易所的结算公司)会代为垫付相关款项给逆回购方，对于正回购的违约方及违约方的券商，中登公司会有相关的惩罚措施，如限制正回购方买入证券，只能卖出不能买入，还有结算公司有权卖出质押债券，若卖出质押债券的资金不能清还欠款，结算公司有权卖出该欠款证券帐户上的其他证券等措施。
而对于正回购来说除了上述的违约的惩罚措施外，由于债券正回购实际上是用债券做抵押向市场融资然后进行再投资，这样会起到放大投资规模的效果，这也使得盈利和亏损也放大了，而原投资的本金则要面对已放大的盈利和亏损，即起到了一定的杠杆作用，若所质押的债券价格下跌，由于逆回购不承担相关风险，这方面的风险全部由正回购方全部承担，故此做正回购遇上行情不好时风险很大的。