沪市实行指定交易制度，一个沪A股东账户同一时间只能托管在一家券商，更换券商需要撤销指定再重新指定，撤销指定当日沪市股票无法交易；深市采用券商托管制度，同一个深A账户能够在多家券商同时持仓，跨券商迁移股票需要办理转托管，T日申报，T+1日持仓才会到新账户。配股操作存在明显区别，沪市配股需要选择卖出指令申报，提交后无法撤单，深市配股使用买入指令，委托在缴款时段内支持撤单。新股申购方面，沪市主板每一万市值对应一个配号，申购单位一千股，深市所有板块五千市值对应一个配号，申购单位五百股，同时深市新股申购九点十五分即可申报，沪市要等到九点三十分。盘后固定价格交易申报时段不一样，深市九点十五分起就能提交申报，沪市仅九点三十分之后开放申报。国债逆回购代码与申报习惯不同，沪市代码204开头，深市1318开头。另外两市大宗交易、退市整理相关细则略有区分，日常交易容易忽略这些细节，操作前务必分清标的所属市场，避免出现委托失败、持仓无法交易的问题。

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