沪港通和深港通的交易标的在覆盖范围与具体类型上存在差异，主要体现在以下方面：
从港股通标的来看，沪港通的港股通标的包含恒生综合大型股指数、中型股指数成分股，以及同时在沪港两地上市的A+H股公司的H股；深港通的港股通标的在此基础上，还新增了符合条件的恒生综合小型股指数成分股，覆盖范围更广。
从A股通标的来看，沪股通标的以上交所上市的股票为主，包括上证180指数、上证380指数成分股及部分A+H股；深股通标的则以深交所上市的股票为主，涵盖深证成分指数、中小板指数成分股及部分A+H股。

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