港股通的买入汇率与卖出汇率并非单一概念，而是体现在交易与结算的两个环节中，分别对应参考汇率和结算汇兑比率。港股通交易虽以港币报价，但投资者实际支付和收取的是人民币，因此必须经历换汇过程。
在交易时段内，券商使用的是参考汇率，这并非实际结算价，而是日初公布的一个估算汇率。其中，参考汇率卖出价用于计算投资者买入港股时需预冻结的人民币资金；参考汇率买入价则用于估算卖出后预计得到的资金。到了日终，中国结算会根据全市场成交净额进行实际换汇并均摊成本，形成结算汇兑比率。此时，卖出结算汇兑比率用于计算买入交易实际应付的人民币；买入结算汇兑比率则用于计算卖出交易实际应收的人民币。
这两个环节的汇率存在差异，通常预冻结的参考汇率卖出价会高于实际结算汇率，这导致盘中看到持仓“亏损”的假象，但并非真实损失，待日终清算后多冻结的资金会退还。