北交所设立后，其核心层级关系已发生重大变化，原新三板的精选层已整体平移至北交所，因此目前谈论的“基础层、创新层、精选层”主要针对全国股转系统，其中精选层已不再单独存在，其功能由北交所承接。目前，基础层与创新层仍属于新三板市场，而北交所则定位于服务创新型中小企业的主阵地。三者最显著的区别体现在企业定位、投资者门槛及交易制度上。基础层企业相对规模较小、公众化程度较低，创新层企业则具备更高的财务标准或成长性，而北交所上市企业则直接从创新层挂牌满一年的公司中产生，且须满足更为严格的上市条件。投资者门槛方面，基础层和创新层分别要求较高的资产门槛，而北交所的门槛相对较低，为50万元，且交易规则更接近沪深交易所，实行30%的涨跌幅限制。三者共同构成了我国多层次资本市场中服务中小企业发展的递进式体系，为企业从初创到上市提供了清晰的成长路径。