港股通的交易费用构成相对复杂，主要包括交易税费、结算费用和持仓费用三大类，整体交易成本高于A股。费用以港币为基准计算，最终以人民币结算，且绝大多数项目均为买卖双向收取，这与A股仅在卖出时收取印花税有根本不同。

在交易税费方面，印花税是其中成本最高的一项，按成交金额的0.1% 双向收取，且实行“向上取整”规则，即不足1港元也按1港元计收。交易征费按成交金额的0.0027% 双边收取；会计及财务汇报局交易征费按0.00015% 双边收取；交易费按0.00565% 双边收取；此外，还有一笔固定的交易系统使用费，每笔交易0.5港元。

在结算与持仓费用方面，股份交收费按成交金额的0.0042% 双边收取，自2025年6月30日起取消了原有的最低2港元、最高100港元的上下限。证券组合费则与交易无关，而是根据每日持有的港股通股票市值，按年费率0.008%（针对市值500亿港元以下部分）计算并每日计提，即“不交易也收费”，每月汇总扣除。