港股通的交易安排与内地A股存在显著差异，核心体现在T+0回转交易、T+2交收制度以及独特的交易时段与额度管理上。
在交易时间方面，港股通遵循香港联交所的日程，分为开市前时段、持续交易时段和收市竞价交易时段。具体而言，每个交易日的9：00至9：30为开市前时段（其中9：00至9：15可进行申报与撤单）；9：30至12：00及13：00至16：00为持续交易时段；而16：00至16：10则为收市竞价交易时段。需留意的是，在圣诞前夕、元旦前夕或除夕等特殊日子，港股通可能仅有半天交易。
在交易与交收规则上，港股通实行T+0回转交易，即当日买入的股票可以在当日卖出，且卖出所得资金在T日即可用于再买入港股。然而，资金的实际交收遵循T+2规则，T日卖出股票的资金，需到T+2日交收完成后才能用于购买A股，而要将资金转出至银行账户，则需等到T+3日。同时，T+2也是买入股票后享有相关权益的时间节点。此外，港股通交易不设价格涨跌幅限制，但委托时存在申报价格范围的限制。
在额度方面，港股通取消了总额度限制，但设有每日净买入额度，目前沪港通和深港通各为420亿元人民币。当每日额度余额不足时，系统将仅接受卖出及撤单申报，不再接受新的买入申报。
最后，港股通交易采取“港币报价，人民币交收”的模式。投资者无需自行换汇，系统会在交易当日使用参考汇率进行资金预冻结，日终再根据中国结算确定的实际结算汇率进行清算，因此最终成交金额与盘中显示可能存在差异。交易日方面，港股通仅在内地与香港市场均为交易日且满足结算安排时开通，且交易日与交收日安排需由交易所定期公布。