开通门槛方面，北交所要求开通前20个交易日日均资产50万元，同时具备24个月A股交易经验；港股通同样要求20日日均资产50万元，没有两年交易经验硬性要求，两者风险测评均需要C4及以上。

交易回转机制差异明显，北交所实行T+1交易，当日买入无法当天卖出；港股通支持T+0回转，当日买入可多次买卖，适合短线波段操作。
交收规则上，北交所T+1交收，卖出资金当日可用、次交易日可取；港股通为T+2交收，卖出资金要等到T+2日才能转出，中间时段只能够继续交易港股通标的。

涨跌幅规则区别很大，北交所正常交易日±30%涨跌幅，新股、退市整理期首日不设涨跌幅，连续竞价还有±5%价格笼子，超出区间委托直接废单；港股通没有单日涨跌幅限制，极端行情股价波动幅度极大，仅有VCM波动调节机制，大幅异动只会短暂停牌5分钟，不存在价格笼子。

交易单位有所不同，北交所100股起买，买入可以1股递增，零散股份需要一次性卖出；港股通每手数量由上市公司自行设定，不同股票1手股数不统一，碎股无法和整手一同申报，需要单独卖出。

交易时间与交易日规则不一样，北交所交易时段和沪深A股同步，只要内地法定交易日就正常开市；港股通必须内地、香港两地同时为交易日才能交易，一方休市就暂停，遇上圣诞、春节前夕还会出现半日市，台风、暴雨也可能临时停市。

结算货币存在本质区别，北交所全程人民币计价、人民币结算，不存在汇率波动风险；港股通以港币报价、人民币自动换汇交割，汇率波动会直接影响最终盈亏。

税费规则是长期持仓重点关注内容。印花税：北交所仅卖出单边收取0.05‰；港股通买卖双边征收0.1%印花税，交易摩擦成本更高。红利税：北交所执行差异化税率，持股满一年免征红利税；港股通统一按20%扣缴红利税，无论持有多久都没有减免政策。除此之外港股通每年还要收取证券组合费以及多项跨境规费，北交所没有这类附加费用。

标的与市场属性不同，北交所是内地交易所，标的以专精特新中小上市企业为主；港股通交易香港联交所上市标的，覆盖互联网、金融、消费等大型蓝筹，行业结构和企业体量和北交所区别显著。同时港股通存在每日买入额度上限，额度耗尽当天无法新开买单，北交所没有额度限制。

核心风险类型各有侧重，北交所主要风险是小盘股流动性偏弱、30%宽幅震荡、退市规则严格；港股通风险集中在无涨跌幅极端波动、汇率风险、跨境信息时差、海外宏观政策冲击，并且港股通渠道不支持融券做空。