您好！如果二十年前约定的千分之三是在合法合规的前提下达成的，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么在一般情况下是有效的。

然而，具体的合法性还需要考虑以下因素：
1. 合同的具体内容和背景：包括约定的千分之三是针对什么事项、是否有相关的合同条款支持等。
2. 法律法规的变化：如果在过去的二十年中，相关的法律法规发生了变化，可能会影响到该约定的合法性。
3. 履行情况：如果双方在过去的二十年中一直按照约定履行，并且没有出现争议或纠纷，那么该约定的合法性可能会得到进一步的认可。

如果您对该约定的合法性存在疑问，建议您咨询专业的法律顾问，以获取更准确的法律意见。

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