沪港通、深港通与港股通这三个概念，共同构成了内地与香港股票市场互联互通的核心框架，但它们分别指向这一机制的不同层面，核心差异在于资金流向与覆盖市场的不同。

从顶层设计来看，沪港通与深港通是两个并行且独立的互联互通计划。沪港通于2014年启动，连接上海与香港市场；深港通于2016年启动，连接深圳与香港市场。每个计划都包含“一南一北”两条通道。其中，港股通是这两个计划中面向内地投资者的统称，指内地投资者通过上交所或深交所，委托内地证券公司，向香港联交所申报，买卖规定范围内的港股。与之对应的，沪股通和深股通则是这两个计划中面向香港及国际投资者的通道，分别允许他们通过香港市场买卖上交所或深交所上市的A股。

因此，当内地投资者谈论“港股通”时，实际上包含了两种选择：沪港通下的港股通与深港通下的港股通。这两者虽然都让内地投资者能买卖港股，但存在四项关键差异：

首先是所需账户不同，沪港通下的港股通需使用沪市A股账户，深港通下的港股通则需使用深市A股账户。

其次是可投资标的范围不同，深港通下的港股通在沪市港股通标的的基础上，额外纳入了恒生综合小型股指数的成份股（且市值在50亿港元及以上），以及同时在深交所和联交所上市的A+H股。沪港通下的港股通则主要涵盖恒生综合大型股、中型股指数成份股，以及在上交所上市的A+H股。

第三是结算汇率可能存在细微差异，虽然沪深两所的换汇机制和每日参考汇率基本一致，但由于两市交易量不同，按买卖轧差摊分成本后，实际分摊到投资者的汇率可能存在较小差异。

第四是存管方式不同，沪港通下的港股通参照沪市采用指定交易制度，而深港通下的港股通则使用深市的转托管方式。

此外，两者还采用“双通道”独立运行机制，通过沪港通买入的港股不能通过深港通卖出，反之亦然；但卖出港股后所得的资金可以在沪深两个港股通账户之间交叉使用。同时，两市的港股通交易日历也可能存在差异。