区别在于：
1.员工因股权激励所得被视作因努力工作而获得的薪酬，因此按照个人所得税标准缴纳税务；
员工持股计划所得被视做员工个人出资购买股票，与公司绑定利益而获得的收益，按照现有政策，股票买卖是无需纳税的；
所以对于员工个人来说，员工持股计划是避税的；
当然啦，另外一点没有了经营绩效的限制性条款，对计划实施难度是一个极大的降低；而我们看到今年以来实施员工持股计划的公司大多数都是因为过往做限制性股票股权激励因为业绩限制没有成功。
2.员工持股计划与公司财务没有瓜葛，没有股权激励方式中给公司带来的成本压力。
现在市场上一种是通过二级市场回购（资金公司做杠杆以及资管计划），这种方式甚至不用证监会审批，比如苏宁云商、三安光电、新海宜、龙净环保等，都采取这种方式进行员工持股计划。
另外一种常见方式是非公开发行股票，这里需要强调的是证不能使用资金杠杆（康缘药业今年第一次方案就利用了汇添富基金做了一个1:2的资金杠杆，但是被证监会叫停了，直到改成没有杠杆才通过），证监会年中的时候对认购非公开发行股票下发了一个窗口性意见：“一是上市公司高管只能以个人名义参与3年期定增，禁止通过结构化产品参与，二是不允许高管参与1年期定增。”
事实上证监会的各项规定也是为了避免内幕交易的情况发生，而对于证监会的这种态度，上市公司往往选用自己上市时的保荐人相关券商作为资管计划的管理人，更加容易被证监会审批通过。