沪港通和深港通都是内地与香港股票市场互联互通的交易机制，它们在以下方面存在区别：
1. 覆盖市场和标的范围：沪港通是上海证券交易所与香港联合交易所的互联互通机制，沪股通包括上证180指数成分股、上证380指数成分股等，港股通包括恒生综合大型股、中型股（市值前95%的公司）以及同时在上交所上市的A+H股，主要侧重于传统大盘蓝筹股。深港通是深圳证券交易所与香港联合交易所的互联互通机制，深股通包括市值60亿元人民币及以上的深证成份指数和深证中小创新指数的成份股，以及深交所上市的A + H股公司股票；港股通除了包含与沪港通类似部分，还增加了市值50亿港元以上的恒生综合小型股指数成分股，涵盖更多中小盘股和成长型股票，如创业板科技类企业。简单来说，买腾讯用深港通更方便，而沪港通更偏传统蓝筹。
2. 开户方式：虽然都要满足50万资产门槛，但需要分别开通权限。
3. 交易机制：沪港通使用上海A股账户，实行指定交易制度；深港通使用深圳A股账户，实行托管交易制度。此外，深港通未来计划纳入ETF，交易工具更丰富。
4. 汇率结算：沪港通和深港通都用人民币报价，但结算汇率机制不同。沪港通采用“离岸汇率”（CNH），买卖时预先锁定汇率（T日汇率），T+2日按锁定汇率结算；深港通用“在岸汇率”（CNY），按实际结算日的汇率（T+1日晚公布）。
5. 手续费：两者现在基本趋同，但部分券商对深港通有优惠。
6. 交易时间：都遵循两地市场交易时间，但深港通对创业板股票有特殊限制。

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