国债逆回购的手续费是按成交金额和交易期限分档收取的，费率随期限延长而递增。目前主流标准如下：
| 期限 | 费率 | 举例（以10万元成交金额为例） |
| --- | --- | --- |
| 1天期 | 成交金额的0.001%（万0.1） | 手续费为100,000 × 0.001% = 1元 |
| 2天期 | 成交金额的0.002%（万0.2） | 手续费为100,000 × 0.002% = 2元 |
| 3天期 | 成交金额的0.003%（万0.3） | 手续费为100,000 × 0.003% = 3元 |
| 7天期 | 成交金额的0.005%（万0.5） | 手续费为100,000 × 0.005% = 5元 |
| 14天期 | 成交金额的0.01%（万1） | 手续费为100,000 × 0.01% = 10元 |
| 28天期 | 成交金额的约0.02%（万2） | 手续费为100,000 × 0.02% = 20元 |
| 91天及182天期 | 成交金额的0.03%（万3） | 手续费为100,000 × 0.03% = 30元 |

手续费仅在初始操作时单向收取，到期本息自动到账，不再另收费。值得注意的是，不同证券公司可能在此基础上设定自己的收费标准，但整体框架一致。部分券商对活跃客户或新用户提供折扣，但无论是否优惠，该费用均属于交易佣金性质，实际执行中需以开户券商公示为准。

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