沪港通和深港通主要有以下区别：
1. 覆盖标的范围不同：沪港通主要覆盖恒生综合大型股、中型股（市值前95%的公司）以及同时在上交所上市的A+H股，多为传统蓝筹股，标的以上交所蓝筹及港交所大中型股为主；而深港通除包含沪港通标的外，新增了市值50亿以上的恒生综合小型股，比如一些生物科技、新消费类公司，还新增了深市成分股和中小创新企业股票 ，也就是深港通的中小票更多，其标的含深交所中小盘及港交所50亿港币以上小型股。像小米上市初期只能通过深港通买到，比如买腾讯用深港通更方便 。
2. 开户方式有区别：虽然开通两者都要满足证券账户资产满50万的门槛，但需要分别开通权限。比如有客户之前只开了沪港通，后来想买药明生物才发现得补开深港通权限 。
3. 可买A+H股不同：部分同时在A股和港股上市的公司，通过不同通道购买港股会有差异，比如比亚迪同时在深交所和港交所上市，通过深港通买其H股更便捷。

另外，它们也有一些共同的交易规则，港股市场普遍实行T+0回转交易（当天可买卖）和T+2交收制度，这与A股的T+1不同；沪港通和深港通下的港股通交易共用额度，并受到每日额度的限制；通过港股通渠道投资，不能参与香港市场的IPO认购。

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