线上申请的券商超低佣金账户后期是否会变高佣，主要取决于开户时的约定和渠道的合规性。通过正规渠道（如券商官方合作客户经理）申请的低佣金账户，通常会在开户协议中明确标注佣金费率及有效期，且多数情况下是长期有效的，券商不会随意上调。然而，如果通过非正规渠道或临时推广活动申请的“超低佣”账户，可能存在活动期结束后恢复默认费率的风险。

为避免低佣金后期变高，建议采取以下措施：

选择正规渠道：通过券商官方合作的客户经理开户，确保佣金优惠写入开户协议，后续如有问题可直接联系客户经理跟进。关注官方合作平台：通过官方认证的低佣入口开户，这类渠道通常为长期活动，佣金政策更为透明和稳定。定期确认佣金状态：开户后定期查看交割单或联系客户经理确认当前佣金费率，确保费率未发生未经同意的调整。

总之，选择正规渠道并明确佣金条款是保障低佣金长期稳定的关键。