网上申请的证券公司超低佣金账户后期可能 不会自动变高佣，但仍存在某些情况下佣金上调的可能性。这主要取决于开户时的具体协议以及账户的使用情况。

如果你在开户时通过客户经理的专属渠道，并明确约定了“低佣长期有效”，同时保存了相关的聊天记录或系统备注作为凭证，那么在账户保持正常交易且没有长期闲置的情况下，佣金通常不会被上调。

然而，如果你是通过自主开户且没有明确的低佣约定，或者账户因活动到期、资金大规模转出、长期闲置而触发了调佣条件，亦或是券商因政策调整而统一提高费率，佣金可能会恢复到默认水平（例如万2.5至万3）。

建议：

在开户前，与客户经理协商并明确“低佣长期有效”的条款，并保存相关的沟通记录。后期保持账户活跃，定期检查交割单。若发现佣金异常，应及时联系客户经理，寻求解决方案。

通过这些方式，可以有效降低佣金上调的风险。