第一，发行主体的差别。企业债券是由股份有限企业或有限责任企业发行的债券，我国2005年《企业法》和《证券法》对此也做了明确规范，因此，非企业制企业不得发行企业债券。企业债券是由中央政府部门所属机构、国有独资企业或国有控股企业发行的债券，它对发债主体的限制比企业债券狭窄得多。在我国各类企业的数量有几百万家，而国有企业仅有20多万家。在发达国家中，企业债券的发行属企业的法定权力范畴，它无需经政府部门审批，只需登记注册，发行成功与否基本由市场决定；与此区别，各类政府债券的发行则需要经过法定程序由授权机关审核批准。

第二，发债资金用途的差别。企业债券是企业根据经营运作具体需要所发行的债券，它的紧要用途包含固定资产投入、技术更新改造、改善企业资金来源的结构、调整企业资产结构、降低企业财务成本、支持企业并购和资产重组等等，因此，只要不违反有关制度规范，发债资金如何使用几乎完全是发债企业自己的事务，无需政府部门关心和审批。但在我国的企业债券中，发债资金的用途紧要限制在固定资产投入和技术革新改造方面，并与政府部门审批的项目直接相联。