在手机上注册证券公司低佣金账户的步骤如下：

联系客户经理：在开户前，寻找并联系证券公司的客户经理，告知你的资金量和交易频率，以商讨并确定适合的低佣金标准。客户经理会提供一个专属的开户链接或二维码。

准备开户材料：准备好有效期内的二代身份证和一张可以接收验证码的一类银行借记卡。确保身份证照片清晰可见。

下载并注册APP：使用客户经理提供的链接下载证券公司的官方APP。通过APP进行手机号注册，并上传身份证照片。

填写信息和认证：按照APP提示填写个人信息，完成风险测评问卷。进行视频认证以确保是本人操作。

绑定银行卡：在APP中绑定你的银行借记卡，并设置交易密码。

签署协议并提交申请：在APP中签署相关电子协议，然后提交开户申请。

审核与确认：申请提交后，审核过程通常需要1-2个工作日。审核通过后，你会收到一条包含资金账号的短信通知。

确认佣金费率：收到账号信息后，联系客户经理确认你的账户佣金费率是否已调整至协商好的水平。

通过这些步骤，你就可以在手机上完成低佣金证券账户的注册。