手机上申请的证券公司低交易费账户后期有可能会变成高佣，但并非必然，关键在于开户时是否联系了客户经理。通过客户经理开户，能提前锁定低佣条款，降低后期变高佣的风险；而自行在APP上开户，低佣多为短期促销，容易恢复默认高佣。

具体来说，低交易费账户后期可能变成高佣的情况有以下几种：
1. 限时优惠到期：部分券商的超低佣金是3-6个月的短期活动，到期后若未达到券商要求的资金量、交易频率等条件，佣金可能会恢复到默认的较高水平。
2. 账户状态变化：如果投资者将资金大幅转出，或者账户长期闲置，如连续数年无交易，券商可能会重新评估费率，上调佣金。
3.政策调整影响：监管政策变动或券商因市场竞争格局变化、成本上升等原因调整经营策略，可能会统一调高费率，即使是长期有效的低佣账户也可能受到影响。

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