基金公司可以参与融券交易，但有严格的限制条件。根据监管规定，只有公募基金合同中明确允许的品种才能开展融券业务，且单只基金融券卖出的证券市值不能超过基金净资产的33%。这种设计主要为了保护普通投资者的利益，避免基金承担过高风险。

具体运作方式和需要注意的点：
1. 可融券的基金类型：普通开放式基金（如股票型、混合型）及部分指数增强型基金可能涉及融券。比如一些量化对冲基金会通过融券对冲市场波动，但封闭式基金和货币基金是明确不能参与的。
2. 融券操作逻辑：基金管理人可通过借入证券卖出，帮助基金实现对冲风险或捕捉定价偏差的收益。比如某股票型基金预判大盘可能回调，会通过融券卖出部分持仓的对标指数ETF，以此对冲下跌风险。
3. 需警惕的风险：融券本身会放大波动，若市场走势与预期相反，可能加剧亏损。比如去年某新能源主题基金试图融券对冲行业估值泡沫，但遇到政策利好推动板块逆势上涨，导致对冲策略失效。

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