三种模式有共同点，也有区别。区别主要表现在纳税环节、行政备案环节和激励机制强弱程度的差异。法人型治理结构存在双重纳税的问题；一般认为，有限合伙型私募股权基金的治理结构，在激励和责任机制上，要大大优越于契约性和合伙型治理结构。
　　私募股权基金治理结构共同特征可以归纳为三个方面，试分析如下：
　　第一、跨越法人治理边界的治理机制。私募股权基金治理大多是以基金资本的“融入、投资、退出”为周期，通过企业契约和金融契约，在投资人、管理人、托管人和被投资目标公司几个独立法律主体间形成以委托代理关系和股权投资关系为核心的治理机制。
　　第二、在专业基金管理人与基金投资人之间确立一种由“充分授权”和“法定问责制”共同保证的良好信任关系是基金治理结构的关键环节。无论哪种组织形式，基金投资人与主要的资金管理人都不是普通的雇佣关系，而是“商业信托关系”，即出资人不以设立公司的方式来自己经营事业，而以信托的方式，将出资集中于受托人，由受托人负责管理运营；出资人则以受益人的身份，受领信托财产收益的分配。与一般的公司治理相比私募股权基金的代理问题更为突出。解决这一问题，一方面，需要培养一批具有良好职业信用和道德素质的专业金融人才团队；另一方面，更重要的是需要在法律上建立有效的激励机制和问责制。通过激励机制把投资人的利益与管理人的利益紧密结合在一起；通过监督机制、问责机制以及良好的纠纷解决机制和司法救济渠道，弥补投资人与管理人形成的信息不对称，降低代理成本，控制代理风险。
　　第三、合理界定投资人的决策干预权。私募股权基金的运作更依赖管理人个人的商业判断和投资经验。投资人权利过大，会削弱管理人的积极性，不利于其作出专业的商业判断；管理人权利过大，又存在出现背弃忠信、侵害投资人利益的危险。因此，在具体私募股权基金治理机制的设计中，需要根据其所在的管理人市场的信用状况、代理风险的法律救济渠道和资本市场的投资环境等权衡左右，保证两种权利的制衡以实现基金利润最大化。