在南通开设一个ETF佣金费率较低的账户，您可以按照以下步骤进行：

选择合适的证券公司：首先，选择一家在南通有服务网点或者提供优质线上服务的证券公司。可以考虑一些大型券商，如中信证券、华泰证券等，因为它们通常提供更具竞争力的费率。

咨询客户经理：联系证券公司的客户经理，说明您希望开设一个ETF交易账户并希望获得较低的佣金费率。客户经理可以为您提供详细的开户流程和费率优惠信息。

准备开户材料：通常需要提供身份证和银行卡等基本材料。确保这些材料的有效性。

通过线上或线下渠道开户：根据客户经理的指导，通过证券公司的官方网站、APP或者线下网点完成开户申请。大多数证券公司现在都支持在线开户，方便快捷。

协商佣金费率：在开户过程中或者完成后，可以与客户经理进一步协商具体的佣金费率。通常，新客户或大额资金客户可以享受更低的费率。

完成账户验证：提交申请后，等待证券公司审核并激活您的账户。这个过程通常需要1到3个工作日。

请注意，证券公司的佣金费率会受到市场竞争和政策的影响，最低佣金一般为5元/笔，具体费率可能会有所不同。