一、以机构投资者为主。自然人仅限特定情况才允许投资。
二、实行股份转让限售期。新三板对特定主体持有股份规定限售期，另对挂牌前增资、控股股东及实际控制人转让股份等也分别规定了限售期。
三、设定股份交易最低限额。每次交易要求不得低于1000股，投资者证券账户某一股份余额不足1000股的，只能一次性委托卖出。
四、交易须主办券商代理。主办券商代为办理报价申报、转让或购买委托、成交确认、清算交收等手续，挂牌公司及投资者在代办系统所进行的股份交易的相关手续均需经主办券商办理。
五、依托新三板代办交易系统。新三板代办交易系统依托于深圳证券交易所建设，与中小板、创业板等并列于深圳交易所交易系统。
六、投资者委托交易。投资者委托分为意向委托、定价委托和成交确认委托、委托当日有效。意向委托、定价委托和成交确认委托均可撤销，但已经报价系统确认成交的委托不得撤销或变更。
七分级结算原则。新三板交易制度对股份和资金的结算实行分级结算原则。