恒生港股通医疗保健指数和国证港股通创新药指数有以下不同：
成分股范围：恒生港股通医疗保健指数有 40 只成份股，反映港股通范围内医疗保健业内地公司表现，覆盖制药、医疗器械、医疗服务等多个细分领域。国证港股通创新药指数成份股约 35 只，聚焦港股通范围内创新药研发、生产等相关企业。行业集中度：恒生港股通医疗保健指数虽也以生物技术、药品等为主，但行业覆盖更广，创新药权重相对分散。国证港股通创新药指数高度聚焦创新药及 CXO 行业，成分股权重占比超九成，行业集中度高。权重股集中度：恒生港股通医疗保健指数前十大权重股占比约 71.09%。国证港股通创新药指数前十大权重累计占比达 70.21%，两者集中度都较高，但国证港股通创新药指数前三大成分股占比就超 35%，受个别股票影响可能更大。
很难直接判断哪个指数业绩会更好。当创新药行业发展迅猛，相关企业研发成果丰硕时，国证港股通创新药指数业绩可能更优。若整个医疗保健行业全面发展，各细分领域均衡增长，恒生港股通医疗保健指数可能表现更佳。