1、上市条件要求不同。主板市场上市条件相对严苛得多，例如要求上市之前连续三年净利润率必须保持6%以上，而新三板只需要一年即可上市。
2、退市条件也不同。主板A股退市的硬件是连续三年业绩亏损，而新三板只需发现严重问题就可退市。
3、盈利要求。在上市条件上，新三板对企业的盈利没有要求，只要求企业的主体及相关经营规范等，有主办券商进行推荐和持续督导即可。在上市审核上，A股上市公司需要证监会发审委进行审核。而股东人数未超过200人的企业申请在新三板挂牌时，证监会豁免核准。
4、交易权限。在交易上，新三板挂牌公司的股份只能在全国中小企业股份转让系统完成转让，而A股可以在上交所和深交所进行交易买卖。在投资者资格上，新三板对投资者设置了一定门槛，机构投资者要求注册资本500万以上，而自然人投资者，要求本人持有证券资产市值300万人民币以上，并且有两年证券投资经验。A股市场则没有要求。