要确保在进行逆回购时A股交易佣金低，且能够有效分析逆回购收益与市场资金成本变化，建议采取以下步骤：

选择合适的证券公司：

不同证券公司的佣金费率可能会有所不同。你可以通过比较各大证券公司提供的佣金率来选择一个费率较低的公司。考虑使用网上交易平台或APP，因为这些通常会提供比传统券商门店更低的佣金费率。

谈判佣金率：

如果你的交易量较大，可以尝试与券商协商更优惠的佣金率。某些券商会根据客户的交易量和资产规模提出更低的费率。

了解市场资金成本：

密切关注市场上的资金利率变化以及央行的货币政策，因为这些会直接影响逆回购的收益。分析宏观经济环境、通胀率、央行的公开市场操作等因素，以预判资金成本的走向。

逆回购操作：

在市场资金较为紧张时（例如季末、年末等），逆回购的利率通常较高，可以提高收益。根据资金利率的变化调整逆回购的期限和金额，以便最大化收益。

定期分析与调整策略：

定期回顾你的逆回购交易表现，与市场资金成本变化进行比对，调整你的策略以适应当前的市场环境。使用专业的财经资讯和分析工具，获取最新的市场动态和资金成本预测。

通过以上步骤，结合对市场资金成本变化的分析，你可以有效确保你的逆回购和A股交易的收益最大化，同时保持较低的交易佣金。