港股通的交易规则如下：
交易时间：交易日的9:00至9:30为开市前时段，其中9:00至9:15接受竞价限价盘订单；9:30至12:00及13:00至16:00为持续交易时段，接受增强限价盘订单；16:00至16:10为收市竞价交易时段，接受竞价限价盘订单。撤单时间为9:00至9:15、9:30至12:00（半天交易为9:30至12:06）、12:30至16:06。
交收机制：以港币报价，人民币交收。实行T+0回转交易，T+2交收。
交易单位：每“手”股数由上市公司自行设定，可能是100股、200股等，每个买卖盘的上限为3千手，股数限制为99999999股。
申报方式：只能进行限价申报，不能做市价申报。开市前时段和收市竞价时段使用“竞价限价盘”，连续交易时段整手买卖指令使用“增强限价盘”，不足1手的碎股可选择“零股限价盘”交易（碎股只能卖出，不能买入）。
涨跌幅限制：不设涨跌幅限制，但设有股价及成交量波动的市场监察机制，部分股票存在波动调节机制冷静期。例如恒生指数以及恒生科技指数成分股，当股价较5分钟前最后成交价波动上下10%的时候就触发5分钟冷静期，期间仅允许在上下10%价格区间内交易。

根据目前的规则，港股通不支持内地投资者直接做空港股。现行规则禁止港股通账户参与融资融券，包括卖空交易。