1、股票范围存在限制的风险

投资者通过港股通买卖的香港交易所股票存在一定的范围限制，必须是港股通股票名单中的股票。而港股通股票名单是动态调整的，投资者应当关注最新的港股通股票名单。对于被调出的港股通股票，自调整之日起，投资者将不得再行买入，但可以卖出。

2、额度控制的风险
港股通交易每日都会有额度限制。在联交所开市前时段，深交所、上交所港股通当日额度使用完毕的，该时段投资者将面临不能通过深交所、上交所港股通进行买入交易的风险。在联交所持续交易时段或收市竞价时段，深交所、上交所港股通当日额度使用完毕了，当日投资者就会面临不能通过港股通进行买入交易的风险。

3、汇率风险
港股通交易过程中需要换汇，而如果汇率波动将导致港股通股票日间成交价格与日终结算价格有差异，就会导致汇兑产生损益。如果离岸人民币发生大幅波动时，那么这种风险有可能进一步增大。

4、港股通交易通讯故障的风险
港股通交易中，如果联交所与深交所、上交所证券交易服务公司之间的报盘系统或者通信线路出现故障，可能导致15分钟以上不能申报和撤销申报的风险。